Цитата: Среднесписочная численность рассчитывается согласно Постановлению Росстата от 03.11.04 №50.
С 01.01.2014 действует Приказ Росстата от 28.10.2013 N 428, размещенный выше во вложении. Но общий порядок расчета он действительно не изменил.
Цитата: "...п. 84. Среднесписочная численность работников за месяц исчисляется путем суммирования списочной численности работников за каждый день месяца...п. 86. Не включаются в списочную численность работники:а) принятые на работу по совместительству из других организаций;Учет внешних совместителей ведется отдельно..."
Цитата:79. Среднесписочная численность работников рассчитывается на основании списочной численности, которая приводится на определенную дату, например, на последнее число отчетного периода.В списочную численность работников включаются наемные работники, работавшие по трудовому договору и выполнявшие постоянную, временную или сезонную работу один день и более, а также работавшие собственники организаций, получавшие заработную плату в данной организации.80. Не включаются в списочную численность работники:а) принятые на работу по совместительству из других организаций;Учет внешних совместителей ведется отдельно.
Возможно, какие-то настройки программы у вас осуществлены неправильно.
И, поскольку речь идёт о работе в программе, переношу тему в соответствующий раздел ("Тонкости работы в 1С, Контур-Зарплате, ..."), пусть её посмотрят специалисты по работе в 1С.